Rạn san hô Apo có thể được tìm thấy ở khoảng cách 33 km về phía tây, ra khỏi bờ biển giữa phía tây hòn đảo Mindoro của Philippines. Hai rạn san hô riêng biệt tạo nên hệ thống đảo và rạn san hô. Hai rạn san hô được ngăn cách bởi một khu vực nước sâu chừng 30 mét. [ 1 ] Trong ranh giới của rạn san hô có rất nhiều các môi trường sinh thái. Bên cạnh các rạn san hô thì còn có cỏ biển, tảo biển và rừng ngập mặn có mặt trên và xung quanh các rạn san hô.[2]